Nhóm hạt giống được xác định theo thứ hạng BXH FIFA thành 6 nhóm.
Nhóm 1: Nhật Bản / Iran
Nhóm 2: Hàn Quốc / Australia
Nhóm 3: Saudi Arabia / Iraq
Nhóm 4: UAE / Trung Quốc
Nhóm 5: Syria / Oman
Nhóm 6: Việt Nam /Lebanon
Ngoại trừ chủ nhà Qatar không thi đấu Vòng loại 3, toàn bộ 12 đội tuyển tham dự đều có thứ hạng trong Top 13 châu Á căn cứ theo BXH FIFA.
Sau khi vòng loại thứ 2 World Cup 2022 khu vực châu Á kết thúc sẽ xác định đầy đủ 12 đội tuyển giành vé đi tiếp và sẽ được chia thành 2 bảng, thi đấu vòng tròn 2 lượt đi và về. Hai đội đứng đầu mỗi bảng sẽ giành vé dự VCK. Hai đội đứng thứ 3 sẽ thi đấu play-off (lượt đi – lượt về trên sân nhà – sân khách). Đội thắng sẽ giành vé chơi trận play-off với đại diện của châu lục khác để đoạt tấm vé còn lại tới Qatar dự VCK World Cup 2022.
Theo kế hoạch, lễ bốc thăm chia bảng của vòng loại 3 World Cup 2022 sẽ diễn ra vào ngày 24/6 tới đây tại trụ sở của Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) ở Kuala Lumpur (Malaysia). Dự kiến, vòng loại thứ 3 World Cup 2022 khu vực châu Á sẽ bắt đầu vào ngày 2/9/2021 và kết thúc vào ngày 29/3/2022.
